亚当问上帝，为什么世间万物独有我如此孤独？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物进化史上第一只体细胞无性克隆哺乳动物多莉羊诞生。
人类对自己手中拥有了神的力量感到害怕，但也有人喊出了踢翻上帝宝座的誓言：
God's in his heaven,all rights with the world！——Seele座右铭
公元2004年，三岁的碇真嗣被带到位于箱根的人工进化研究所（GEHIRUN的对外名称）地下第二实验场，亲眼目睹了自己的母亲在初号机中化为次量子状态（同步率百分之四百）。不久之后，碇源渡将小真嗣托付给了住在远方的一位老师，父亲绝情离去的背影成为了真嗣心中的恶梦，在长大后仍不断跃出脑海......
但他并不知道父亲与其背后的Seele正在从事的浩大工作。第二次冲击后，位于日本相模湾边的箱根地区下的巨大球形空间内，成百万吨的沙土被移走，地表中装置了二十二层装甲防护，可谓是固若金汤，人类进化研究所就以此为基地，Lilith则被钉在了更深地层下的中央教条区中。作为人类补完计划的补助，平行实行了E计划，从南极运来的已经失去S^2机关的第二使徒被装上了拘束装甲，成为人类未来补完的重要工具——EVA初号机，并且对其进行仿制得到了一部没有灵魂的EVA零号机。然而没有灵魂同步的EVA便无法使用，唯一的办法是提取Lilith的灵魂物质制造了一个拥有使徒能力的克隆人，并使其听命于人类。
与此同时，人类补完计划与E计划的主要实施者之一的碇唯却在暗中计划反叛seele，她试图挽救人类渡过未来的第三次冲击，于是利用初号机融合实验的机会，主动使自己的灵魂完全融合进了这部补完计划的重要工具中。源渡对碇唯此举深感震惊，但他很快开始因势利导实行自己的一套补完方案，将零号机克隆人的Lilith灵魂物质中掺入碇唯的粒子体，甚至使其相貌也模仿碇唯，这一制造过程是通过Dummy System实现的，通过这个系统可以由一个主体克隆出无数个分身，分享同一个灵魂。于是，The First Children——零号机专属驾驶员——凌波丽诞生了。绝对服从源渡的她，将刚刚制造完成MAGI超级电脑的赤木博士一顿臭骂后陨命，而被利用完毕的赤木博士也随之自杀身亡。另外一个被利用的人是EVA二号机的研制员，她的灵魂被二号机强行剥夺了一部分导致其精神分裂，其女明日香则被选为The Second Children——建造中的二号机专属驾驶员。对源渡来说二号机难以控制，甚至可能是Seele安放在他身边的制衡力量，因此他试图将最重要的初号机交给自己的儿子以便控制。但将真嗣选为The Third Children却必然招至Seele反对，因此源渡不得不耐心等待机会。
公元2015年6月14日下午12时30分，第三使徒出现，向人类的要塞都市——第三新东京市袭来，关东滨海区全戒严，战略自卫队机甲部队及N2雷（即No Nuclear无核武器，但威力不亚于核炸弹）攻击均宣告无效。源渡的机会终于到了，真嗣正在前来NERV的路上...........
EVA整部动画都是建立在复杂的宗教思想之上的。简单的，从片名就可以看出Evangelion在英语里是福音书的意思，这就不能不让人想到旧约圣经了吧。而且，故事中充满了所谓上帝、亚当、夏娃、以及死海文书(The Dead Sea Scrolls：注1)等的说法。整个故事就是建立在犹太教的基础之上的，由于犹太教和基督教之间的密切联系所以才有如此多的我们所熟悉的圣经中的事物；然而，本片既不是犹太教的思想宣传，也不是基督教的宗教影片，作者不过是借用了其中的故事概念来表达自己的思想而已——这些在下面的分析中将逐渐显示出来。
既然谈到宗教，就让我们从EVA中的一个神秘的组织NERV开始我们的研究吧
NERV—GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL’S RIGHT WITH THE WORLD
看过EVA的人一定会对NERV的那个血红色的标志有深深的印象，同时也就会了解小标题中的那句GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD——是英国的诗人Robert Browning的诗句，我们可以暂时翻译成“神不为者，人为之”，我们就可以从这句话中了解到NERV所代表的意义。正如碇元渡所言科学的力量是无穷的，请看在第十二话中碇元渡与东月在南极时的对话（此时两人在航空母舰上）
东月：不允许任何生命的存在，死亡的世界——南极，不也许应该成为地狱吧。
碇元渡：但是我们人类却站在这里，以生物的样子活的好好的。
东月：因为被科学的力量保护着么。
碇元渡：科学的力量就是人的力量。
东月：就是这样的傲慢心态才会引起十五年前的悲剧——第二次冲击（注2），其结果就是这样的惨状。这样的惩罚实在也太大了。简直就是死亡之海呀。
碇元渡：但现在污染已消世界已经得到净化。
东月：即使是满身罪恶我也还是期待人类生存的世界存在。
且不说这段重要对话中对故事情节的揭示，就起揭示的思想观点已经可以解释NERV的那个血红色的标志的意义了NERV的标志是以半片树叶下面的NERV字样为主体，下面环绕GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD的字样。其实，那片树叶实际上是一片无花果的叶子，也就是圣经中那象征着亚当夏娃被逐出伊甸园的原罪——由于偷食了智慧果实的原罪；智慧禁果的表现转换到EVA中也就是以NERV为代表的科学万能念，而GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD也就正体现了NERV的这种科学万能的思想（注3）。然而庵野秀明（注4）却认为科学的力量是人类原罪的根源，所以NERV的标志上才会有无花果的叶子，一方面代表了人类所背负的原罪；另一方面，作为NERV有这样的意义的标志也就体现了NERV的无所畏惧，无所敬畏，唯我至上的意志体现。碇元渡作为NERV的总司令也就集中了这种思想意志或者说是碇元渡带给了NERV这种思想。而东月就作为怀疑论者拥有着人类应该有所信仰有所敬畏。东月认为正是因为人类自满于自己的科学力量，试图以科学的力量进行自己的成神计划才导致了第二次冲击——上帝对人类的惩罚。
SEELE—意识第一的神学观点
SEELE是NERV的直属上级机关，SEELE作为人类补完计划的计划者，是EVA背后的最大的也是最终的指引力量（从SEELE的意思——灵魂就可以得知），其实只有SEELE和NERV的高层人事才知道所谓人类补完计划的真相。所谓人类补完从外表上看是人类通过科学的力量包括神力进化到新的境界的过程，如果以电影版为基准的话，就是人类还原为LCL之海中的灵魂样的存在。有人认为THE END OF EVANGELION的结局是人类全灭，其实是人类失去了肉体，失去了相互之间的隔阂以精神的形式继续存在下去，也就是精神上的补完。在这一点上，TV版的结局也是如此，第25、26 话的心理分析可以说就是象征了（其实就是）心灵的补完。由此也可以看出SEELE 可以放弃人类肉体而使人类进化到精神世界的行为证明了他们意识第一的观念。同时也就是本片的思想基础——人的思想是最重要的，EVA的意义就是要给人的心灵一种补完的感觉。
技术背景，Eva中的诸多疑点解释
A.T Field 绝对领域
也就是动画片中所谓保护使徒的强大的空间结界，可以直译为绝对不可侵犯领域。正是由于这种结界的存在才使得使徒有强大的生命力。传说中是由于使徒（angles)吃了禁果“生命之实”后才得到的完整的绝对领域。这也就是为什么只有同样具有绝对领域的Eva才有与使徒对抗的能力。然而，绝对领域的概念并不只是这么简单。
在tv版第24话中，第17使徒——自由意识——渚薰道出了绝对领域的另一层含义——心之壁。所谓心之壁薰是这样描述的：“你们把‘李林’称作绝对领域，任何人都无法侵犯神圣领域，心中的光芒，你应该知道李林是什么了吧？绝对领域指的就是任何人心里的心理屏障”这就是所谓的心之壁。其中，在漫画版的STAGE 29墓碑碇元渡对真嗣说道：人们不知道为了什么，都为了相互了解而努力。不过你记住，人与人之间是绝对无法完全理解的，人类就是这样悲哀的生物。中，也就是说，人的心与心之间是无法完全沟通的，孤独是人类悲哀宿命的根结。人也正是自己从上帝那里走出来，从伊甸园中走出来，自己决定自己的孤独的命运。然而，人类的意义并不简简单单而已。
渚薰——最终的使者 渚薰以第十七使徒和第五适应者（驾驶员）的双重身份出现，他的背景相当的复杂。简单的说他是被SEELE利用而送到NERV去的，其目的就是要达成SEELE除掉已经背叛他们的碇元渡的计划。当被蒙在谷里的渚薰以第五适应者的身份到达NERV并且准备发动第三次冲击时，才发现其实所有的使徒都被NERV和SEELE的圈套所蒙骗了。这一段渚薰可以说是真正以神的使者的身份对人的行为进行着批判。这里的主题音乐是S y m p h o n y N o . 9 1 C h o r a l 1 贝多芬的第九交响乐，欢乐颂。这时薰所背负的天使的意义和贝多芬在此曲中所灌注的精神状态配合的相当融洽。其中，渚薰的许多台词可以算得上是Eva中的经典： 走吧！过来吧！亚当的分身，李林的仆人。 EVA是由亚当所生，对人类而言其存在实在使人憎恶。人类利用EVA生存至今的这种行为我实在是无法理解。 其中的“李林”就是指的人类，也就是犹太教中所说的：“人类lilin是lilith的后代，是罪恶的后代。” 亚当的分身自然是指Eva机体，人类利用自己科学的力量复制了神的行为，将Eva作为自己的仆人，并依靠着Eva而与使徒作战并存在着。也就是在批判人类不惜利用一切的邪恶本性。 而当他到达最终教条（天堂之门）的时候，发现在那里的竟是lilith的本体而非亚当，他发现其实一切都是安排好的，使徒强大的生命必然要败在人类智慧之下，或者说是败在了人类的欺骗之下。由此，渚薰 感叹着：这是利利斯（lilith）！是吗？原来是这样啊？李林 使徒一直认为NERV地下深藏的就是亚当，而且，SEELE也是这样告诉渚薰的吧。然而当最终的使徒真正看出真相之后，他便选择了自己的死亡。 生存下去是我的命运，即使人类会因而毁灭，我也得生存下去，不过我也可以选择死亡，对我来说生存和死亡对是一样的，死亡对我而言是唯一的自由。
EVA中的部分情节
绫波的微笑
第六话 决战、第三新东京市 Rei II 以及STAGE19黑暗中之月这一段可以说是被广大ayanamist（绫波丽的忠实信徒、喜欢绫波丽的）最为称道的Eva中的镜头，认为是绫波最美的样子。然而这背后也的确有其深刻的意味吧。在这一部分中主要描述的就是真嗣和丽之间关系的发展。主要用来反映两个人的内心世界，表现两个人的性格，以及为对方带来的改变。 在之前真嗣就问过绫波她为什么驾驶Eva，而绫波的回答是因为“羁绊”。
我，跟本不会其他的事，我仿佛是为了驾驶Eva才来到这个世上。如果我不做Eva的驾驶员的话，或许我就会变的一无所有。那不就跟死没两样么……
丽的这一段话不仅是她对自己生命的无奈，同时也在一方面道出了真嗣的心理。正是有这先文的铺垫，才有后来这微笑的深刻。当时，由于为了掩护真嗣，绫波受了重伤，真嗣不惜一切的从Eva零号机中救出丽，也得到了绫波的微笑。这里有真嗣的一句“经典”：
下次分离的时候不要再说“再见”这种悲伤的话了，虽然我们现在除了驾驶Eva之外一无所有，不过，只要活着的话，总有一天，一定会觉得，能够活着是一件不错的事。虽然距离这一天或许还很遥远，不过在那一天来临之前，我们还是活下去吧。（后面一段已经不象是真嗣说的话了，不过却很有意义，是来自漫画版的）
这里，两个自我封闭的人走到了一起，互相敞开自己的心，真正生命的意义在一瞬间闪现。
在漆黑、空无一物的路上，如果二人同行，或许可以发现什么吧？就想挂在天空上的月亮一样。
第九话 瞬间、心、重合Both of You. Dance Like You Want to win!以及漫画版第4册 STAGE24不和谐音 STAGE25 Shall we dance? STAGE26 瞬间、心灵、重叠
在纪伊半岛海湾出现了持有分离合体功能的第七使徒，配合不协调的明日香与真嗣，立即遭到戏剧般的攻击。经分析，只有同时击中分离的两个使徒核（S2机关）才能消灭第七使徒。于是，美里将明日香亦领回家来与真嗣同住，并进行协调统一的特训。数日后在战场上，需要在62秒的音乐结束之前击溃使徒，两人配合完璧的“舞蹈”坚持至最后数秒时崩溃，但使徒已被消灭。
这一集中描述了明日香和真嗣在一起进行训练的情形。尤其以漫画版为优。描述了两个本身处于一定矛盾状态下的两个人相互了解，并且达到了短时间内协调的状态。也就表示了即使是在心之壁的作用之下，人和人之间并不是完全的不能相互了解，其实人和人之间还是可以配合的很好的。同时，真嗣和明日香也明白了相互和谐的重要性。
第三新东京市停电日
第十一话 在静止的黑暗中The Day Tokyo-3 Stood Still
在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。与第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到国联的警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA 的发进作好了准备。
三机发进后，联合作战成功地击毁使徒。
这次剧本所主要描写的，是在人类没有了自己创造的方便能源的电力之后，被称为自动化都市的第三新东京市也陷入了一片恐慌，连保护人类的Eva都要靠电力运转，更不必说日常生活中对电的需要，暗示人类社会是建立在脆弱的基础之上。同时也是一种对科学的嘲笑。
最后，有绫波 丽的一点评价作为总结：人类因为畏惧黑暗，所以用火消除黑暗以求生存。
人类的新世界——人类补完计划
人类补完计划是新世纪福音战士中比较重要的一部分，可以说整个故事都是围绕着人类补完计划进行的。然而，人类补完计划也确实是本片中隐藏比较深不太容易理解的概念之一。因为新世纪福音战士一共有所谓的“两个结局”其一是动画片tv版的第25、26话，以意识流式的心理分析中结束。另一个就是在电影版The end of Evangelion中描述的第三次冲击的发生为结局。关于这两种结局，讨论相当激烈，个人各持己见，并没有一个确切的结果。那我就把我的见解写下，希望能够引起一定的思考就可以了。
首先是tv版第25、26话的心理分析课，可以说，Eva的前面全部24集都是为了这最终的人类补完计划来做的铺垫。在这里，所谓的人类补完就是人内心的进化，其实就是心理进化、解决病态的心理问题。片中以生存的意义，存在的目的为核心话题，以人的孤独为对象，进行了长篇的心理描述，意在使观众（也就是和Eva中人物有相同心理的观众）在了解了片中人物的心理解决过程中也解决了自己的心理问题。（这里我就不详细叙述其中的分析）最终，碇真嗣也走出了自己阴晦的心理，完成了自己内心的补完，这时，所有的人都恭喜他走完了自己相当重要的心理历程。然后，在片的最末尾，写下了“然后祝福世界上所有的孩子……”就这样，Eva就在这样的话语中结束了。
然后，又推出了电影版The end of Evangelion，以描写故事的形式完结了新世纪福音战士。然而，所谓的描写故事不过就是在以故事为基础进行心理分析而已，其实整个新世纪福音战士故事中都是为了进行心理上的补完而设置的。
冲出自己——走向新世纪
Rei II——走向死亡体会生命（注5）
Rei II是出现在Eva的tv版中较长时间的绫波丽，tv版也就是描述了她与碇真嗣之间的逐渐沟通，逐渐了解，也逐渐的补充对方的过程。在这个过程中，丽逐渐的了解到人之间感情的意义，从一个不知感情为何物的“机器娃娃”到逐渐的与真嗣产生感情，最终为了真嗣而牺牲了自己。零号机的自爆与Rei II的消失宣告了Rei II任务的完成，这应该不是碇元渡给她的任务，而是庵野秀明给她加上的悲情任务吧，之所以说是任务，是说她只是冲破了自己自我封闭的性格，拥有了人的感情。然而，她还是没有走出自己受人指示，被人利用的命运，那个工作就留给“浴火重生”的Rei III（注6）吧。就让我们的Rei II永恒的安息吧。
Rei III——让我去选择
选择是痛苦的，然而不能选择就连痛苦都没有……
很简单的，在电影版The end of Evangelion中绫波丽终于冲破了自己的宿命，作出了自己的选择，离开了碇元渡，不再作他的玩偶，而坚决的作出了自己的选择。这时的绫波丽已经完成了自己内心的补完，是完美的神一样的存在，引导了第三次冲击。