看完第二集，我们知道Oracle是一个程序，Zion是由机器制造的。The one已是第6任，前五位帮助了Matrix升级。另外还有一些现象例如Neo在zion里也有超能力。于是我们对于第一集得到理论产生了怀疑，到底Neo是人还是program,Zion是Matrix还是真实的世界。这导致了Matrix in Matrix的理论及并行Matrix的理论。这里对它们就不在重诉了，只讲讲我们的想法。
Zion
Zion也是模拟系统程序。与Matrix不同的是它模拟的是现存人类世界的真实情况(我比作linux)，用来控制和研究1％的反抗人士。它制定了比Matrix更加严厉运行规则，它的研究结果用来完善Matrix,从而增强对人类的控制。所以象Morpheus，Trinity等反抗人士虽然有部分自主意识，但是仍然受program控制，无法打破zion这些规则，只能遵行它的规则，除了Neo外。
真实的世界
没有在影片里出现，但我想因该和zion差不多，因为Zion是模拟真实的世界。
Morpheus等反抗人士
Morpheus等反抗人士是人还是program，有些说是人，有些说是program, 其实都不对，如果只指被program附载的那具躯体，可以说是人，不是机器。但如果从意识角度说，Morpheus等还是program，他们的自主意识只是部分苏醒，还没有完全苏醒，依然受到由更高级的角色program控制。他们经历了第一次“苏醒”。即他们由The one从Matrix里1％反抗人士中挑选，把他们原来有Matrix编写的角色program, 升级到更高级的角色program, 新的角色program加入zion的信息，增加在Zion和Matrix两个系统的运行能力（即program可以同时在Windows XP 和 Linux下运行），提高在Matrix里的运行能力。并允许部分人类自主意识的出现，这样才能使角色program在这些反抗人士的大脑里稳定存在和运行。所以说，现在1，2集里出现的Morpheus,Trinity等人从意识角度说，仍然是program.还没有完全苏醒，穿梭Matrix和zion两个系统，并不是象电影里表现那样pull in 和 pull out真实世界.只不过是系统转换罢了。也许他们会在Neo的帮助下，在第3集里完全苏醒（即人类自主意识超越了植入脑类的program,取得控制大脑的控制权）
Neo
Who am I?这是在第一集里Neo苦苦追寻答案的问题。 Why am I here? 这是Neo在第二集追寻的问题。我们随着电影的进度，也在苦苦思索着答案。Neo也如上面所说的那样即是program, 又是人。但他是很特殊的人，很特殊的program. 我们在这里应该把The one 和 Neo分开。The one指program,Neo指附载The one的人的身体。先从program角度说。The one不是由Matrix编写的program.也不是由编写Matrix的Architect（AI机器)编写，他是由更上一层即编写Architect的人（指真实的人）编写的或者具有这一层的代码。因而他在Zion和Matrix都有超能力即破坏系统的运行规则。编写The one这program的目的是为了完善Matrix, 从而让机器能永远控制人类。在zion中的那些program因为允许部分人类的意识存在，并且人类意识在不断的加强，到了一定时间人类的意识会超越program,导致这部分人苏醒，这是机器所不允许的，所以在这个时刻来临之前，zion必须被消灭。但是在zion这些program已有更好表达人类自主意识的代码，这些代码对完善Matrix是非常重要的。The one的作用就象影片中Arichetect对Neo的
谈话中提到的：Your life is the sum of a remainder of an unbalanced equation inherent in the programming of the matrix. You are the eventuality of an anomaly which, despite my sincerest efforts. I have been unable to eliminate from what is otherwise a harmony of mathematical precision. ..... The function of the One is now to return to the source allowing a temporary dissemination of the code you carry reinserting the prime program.
从上面的叙述看来，第一，二集并不是我们所想象的是人和机器的斗争。其实描述的是机器自身进化的过程，人是有学习进化的能力，机器也有，它利用和研究人类那些目前还不能由机器表达的情感，来进化自身，从而达到更好的控制人类。它建立了Matrix系统给那些平凡的人（占99％），这些人意识里完全接受机器给他们定义的一切。这些人对与机器来说就是电池，没有别利用价值。另外一些人不接受或不完全接受机器给他们定义的一切，他们的潜意识是free mind.不愿接受一切约束。因而机器同时建立zion系统给这些不平凡的人。让他们自主意识部分苏醒，，并受到program的研究。同时给他们一个希望，即通过oracle告诉他们存在一个救世主The one， 他会把他们从机器拯救出来。（多么有讽刺意义，我想大多人都期望有什么救世主），因而可以说这苏醒的意识依然受程序控制，到一定时候（人的意识太强的时候），Zion就要被消灭。The one回到Matrix的source,升级进化机器。机器成功进行了五次这种轮回。但是正如俗语：终日打鹰，反被鹰啄（机器还不懂这道理）。人的意识, 愿望是如此之强，和不可琢磨，影响The one 6.0， 使The one 6.0做出机器预期不到的选择。将导致第三集revolution. 推测在第三集Neo真正的苏醒，同时他拯救了Zion里的人，因为这些人具有free mind的特性，比交容易救。同时因为zion模拟的现实的世界，他们从zion中苏醒，看到现实的世界比不会太诧异。至于Matrix,
Neo等人也许会和机器达成暂时的妥协，防止Matrix崩溃，而导致里面的人全部灭亡。人类和机器的斗争并没结束，而是刚开始。从来都没有什么救世主。
另外，Architect说：“There are levels of survival we are prepared to accept.”意味着Matrix的崩溃并不是所有机器都灭亡。有较高智能的机器也许也象人
一样连接到Matrix系统，当Matrix崩溃，联系Matrix里的人死亡，从而切断了能源供应，而导致整个系统的关闭。这些智能机器会pull out from Matrix系统.这些机器
只是较少数目，不像Matrix系统那样庞大，所以不需要太多的能源，也许以前积累下存在电池的能源能足够这些机器维持生存很长时间。这也许是上面那句话的意义。
